В случае, когда генеральный директор является единственным учредителем ООО, трудовые отношения с ним как с работником оформляются решением единственного участника общества, а не трудовым договором. Согласно пункту 4 статьи 32 Федерального закона от 08.02.98 No 14-ФЗ, руководство текущей деятельностью общества с ограниченной ответственностью осуществляется единоличным исполнительным органом ООО или единоличным и коллегиальным исполнительными органами общества. Единоличный исполнительный орган (генеральный директор, президент и др.) по общему правилу избирается общим собранием участников общества на срок, определенный уставом (ст. 40 Закона No 14-ФЗ). Договор между ООО и руководителем подписывается от имени общества лицом, председательствовавшим на общем собрании, или участником общества, уполномоченным на это решением общего собрания. Если общество состоит из единственного участника, то избрание на должность руководителя организации оформляется его решением в письменном виде(ст. 39 Закона No 14-ФЗ).
Если руководителем организации является ее единственный учредитель, то трудовые отношения с лицом, осуществляющим функции единоличного исполнительного органа общества в качестве генерального директора, как с работником, оформляются не трудовым договором, а решением единственного участника. При этом отсутствие заключенного трудового договора с руководителем организации не означает отсутствие трудовых отношений. Соответственно, выплаты в пользу генерального директора организации, в том числе являющегося ее единственным учредителем (участником), рассматриваются как выплаты в рамках трудовых отношений.
Письмо Минфина от 20.11.19 No 03-12-13/89698